Elternlos streift der junge Krabat (David Kross) als Sternsinger durch das hungernde, vom Dreißigjährigen Krieg verwüstete Deutschland. Eines Nachts dringt eine unheimliche Stimme in seine Träume ein und führt ihn zu einer Wassermühle am Koselbruch bei Schwarzkollm in der Lausitz. Dort bietet ihm der strenge, aber charismatische Meister (Christian Redl) eine Lehre als Müllerbursche an, die Krabats Leben für immer verändern soll. Erst lernt er unter elf Mitgesellen Tonda (Daniel Brühl) kennen, der zu seinem besten Freund wird, dann durch den Meister die Macht der Schwarzen Magie. In zwei Sommern eignet sich Krabat große Kräfte und die Fähigkeit an, in einen Raben verwandelt mit den Wolken über die Hügel, Berge und Täler zu gleiten. Noch verführerischer aber als die Schwarze Kunst ist der Zauber von Kantorka (Paula Kalenberg), einem Bauernmädchen, in das Krabat sich auf den ersten Blick verliebt. Damit jedoch riskiert er ihr Leben und auch das seine. Denn der Meister duldet niemand neben sich, fordert Gehorsam und fürchtet die Liebe. Nur sie nämlich kann seinen geheimnisvollen Bund mit dem Tod und damit den Fluch der Mühle brechen, der jedes Jahr einem der Gesellen das Leben nimmt.