Für den 243 Jahre alten Mr. Magorium wird es höchste Zeit, seinen magischen Wunderladen in jüngere Hände zu legen. Er beschließt deshalb, das Geschäft an seine junge Mitarbeiterin Molly Mahoney zu übergeben. Molly fürchtet jedoch den Abschied von ihrem Chef, denn je näher Mr. Magoriums Abschied rückt, umso mehr scheint der Laden seinen Zauber zu verlieren. Molly setzt alles daran, dem Laden wieder magisches Leben einzuhauchen.